Fundado em 13 de junho de 1808, pelo Príncipe Regente Dom João, futuro D. João VI, o Jardim Botânico abriga árvores centenárias e grande diversidade de plantas, incluindo espécies raras e ameaçadas de extinção. Abriga também, nos seus 142 hectares, aves, répteis, anfíbios e mamíferos de pequeno porte.
Foi intenção de Dom João VI aclimatar, na área que desapropriara para a instalação de uma fábrica de pólvora para a defesa da sua Coroa, especiarias trazidas das Índias Orientais. De Jardim de Aclimatação e Real Horto, após a coroação de Dom João VI como rei do Reino Unido de Portugal e Brasil, passou a chamar-se Real Jardim Botânico. Somente no reinado do seu filho Dom Pedro IV de Portugal (ou Dom Pedro I do Brasil) foi aberto à visitação pública, já com o nome de Jardim Botânico.
No interior do jardim encontra-se o Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro, criado com a missão: “Promover, realizar e divulgar o ensino e as pesquisas técnico-cientificas sobre os recursos florísticos dos Brasil, visando o conhecimento e a conservação da biodiversidade, bem como manter as coleções cientificas sob sua responsabilidade. “
Encontra-se também no interior do Jardim umas das mais antigas edificações da zona sul do Rio de Janeiro, a Sede do Engenho Nossa Sra. Da Conceição da Lagoa, construída em 1576. Foi restaurado em 1992 e funciona nos dias de hoje como Centro de Visitantes.
Destaque ainda para os vários exemplares de pau-Brasil, árvore que faz parte da história do descobrimento do Brasil, a escultura em bronze do Busto e Brasão de Dom João VI, homenagem ao fundador do Jardim e o Lago Frei Leandro, mais conhecido como lago vitória-régia.
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